高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药后，身体缩小成小学生模样，化名江户川柯南寄住在毛利侦探事务所。某日，柯南在调查一起跨国犯罪案件时，意外发现了黑暗组织的核心成员——代号‘琴酒’的踪迹。他联合FBI探员赤井秀一，通过缜密推理和尖端科技，逐步揭开组织的资金链和实验计划。在一场惊心动魄的摩天轮对决中，柯南利用足球腰带和麻醉针智斗琴酒，最终配合警方将组织一网打尽。然而，幕后黑手‘那位大人’仍逍遥法外，为续集埋下伏笔。本片融合悬疑、动作与温情，是《名侦探柯南》系列的高潮篇章。