第二季中，列奥纳多·达·芬奇继续在佛罗伦萨与罗马教廷周旋，他凭借超凡的智慧和发明，揭露教廷掩盖的惊天阴谋——关于《圣经》隐藏的密码与失落的知识。面对教皇西克斯图斯四世的步步紧逼，达·芬奇必须联合盟友，利用艺术、科学与军事器械，在权力暗战中寻找真相。本季更深入地探索了达·芬奇的内心挣扎与天才灵感，交织着历史谜团与个人信仰的冲突。